Например, для Оперы это делается так:
зайти на нужный сайт, по правой кнопке выбрать "Настройки для сайта", далее на вкладке "Содержимое" убрать галку "Включить плагины".
Разумеется, ничто не мешает пользователю поставить эту галку обратно. Если стоит задача закрыть такую возможность в принципе, то думаю, без стороннего софта не обойтись.
